All'estremità meridionale della località Castello, poco discosta dal ‘Castel Domino’, è ubicata la chiesa di San Vincenzo in Castro, monumento nazionale.

Il campanile, la cui parte inferiore potrebbe essere stata un avanzo di una torre romana del periodo tardo antico (secondo l’ipotesi di studiosi del secolo scorso, oggi superata), è addossato alla navatella a nord.

Per alcuni studiosi la datazione della chiesa risalirebbe nella parte più antica al secolo VIII (secondo un’interpretazione che metteva in risalto l’importanza che Pombia avrebbe rivestito nella tarda antichità e nell’alto medioevo); studi più recenti, attenti alla comparazione strutturale e artistica, tendono a collocare l’edificio al secondo quarto dell’XI secolo, per l’aspetto architettonico e per la parte dei dipinti (il Verzone nel 1935 aveva già studiato l’edificio e nelle sue osservazioni aveva confrontato la struttura architettonica con analoghe costruzioni del Novarese). La chiesa, con robuste murature in pietra, ciottoli e laterizio, presenta il consueto orientamento con l'abside rivolta ad oriente. La divisione interna è di tipo basilicare con tre navate che in origine terminavano in altrettanti absidi semicircolari; solo quella centrale è oggi visibile essendo state distrutte le altre due nel corso del Settecento. L'interno, con la navata centrale molto più alta e più larga delle due laterali, presenta una copertura costituita da volte a crociera alquanto pronunciate, sostenute trasversalmente da arconi in aggetto che in origine andavano a unirsi alle lesene dei pilastri. Pur avendo conservato strutture architettoniche romaniche, l'apparato decorativo interno alla chiesa ha assunto una fisionomia marcatamente barocca. A seguito del restauro della chiesa, nel 1969, sono state trovate sulla controfacciata tracce evidenti di un grande affresco, il cui soggetto è il Giudizio Universale, ascrivibile - per i tratti stilistici - all’ambiente culturale lombardo della metà del secolo XI. Quello che oggi resta è solamente un frammento con figure di santi, mentre la parte che poteva comprendere il Cristo Giudice è stata, purtroppo, sfondata per l’applicazione dell’organo alla fine del secolo XVII.

Sul primo pilastro di sinistra si trova una Madonna del latte di gusto gotico realizzata a fresco alla fine del XV secolo e restaurata nel 2010.

Di grande interesse storico ed artistico è il nartece a pianta rettangolare, articolato su due piani, addossato alla facciata della chiesa che venne costruito nel corso del XI secolo in un momento successivo al completamento della chiesa. La sua struttura ha forma a capanna, decorata da archetti pensili che corrono lungo gli spioventi del tetto; solo una monofora posta in alto sulla facciata contribuisce ad alleggerirne l'aspetto possente. Il piano inferiore è rappresentato da un portico ad arconi coperto da una volta a crociera nervata. L'arcone centrale, sul lato sinistro, poggia sopra un cippo di epoca romana. Il piano superiore del nartece è costituito da una cappella con absidiola ricavata in sbalzo sul lato di mezzogiorno. Essa doveva essere interamente coperta di affreschi che oggi appaiono quasi completamente illeggibili, con l'eccezione del "velario" vicino al pavimento che mostra figure simboliche proprie della cultura medievale da riferirsi all'oltre tomba: il gallo (simbolo della vigilanza), il pavone (simbolo dell'immortalità dell'anima) e il cane tricefalo, demone infernale, che si muovono fra palmette e ciuffi d'erba (simbolo della speranza nella vita eterna). Secondo una visione enfatica, tali elementi fanno pensare ad una cappella espiatoria per la celebrazione di funzioni in onore di un defunto. L'ipotesi della cappella espiatoria è avvalorata dalla presenza nel portico sottostante di un loculo funerario con tracce di decorazioni relative a tre bianche croci longobarde su sfondo rosso. La datazione della chiesa tra il 1025 e il 1050 circa, tende a destituire di fondamento la tesi di alcuni studiosi secondo i quali potrebbe trattarsi della tomba di Litulfo, figlio di Ottone il Grande, che le fonti storiche indicano morto a Pombia nel 957. Studi suggestivi più recenti tendono ad attribuire al vescovo Riprando l'edificazione della chiesa, una chiesa 'di castello' costruita dalla nobiltà che lì aveva il centro amministrativo. La piccola cappella al piano superiore presenta le caratteristiche di cappella palatina o vescovile per le celebrazioni della famiglia comitale e dei collaboratori più intimi. 

I tetti sono stati rifatti nel 2001, mentre nel 2008/2009 è stato restaurato il campanile.

Altari: San Giuseppe (sinistro), San Vincenzo (centrale), Madonna del Rosario (destro), Madonna di Lourdes (lato sud).

La chiesa di S.Maria (detta anche ‘della Pila’) deve la sua forma attuale ai diversi rimaneggiamenti successivi alla riedificazione della struttura originaria a partire dal 1650 circa (testimoniata nel 1658). Secondo la tradizione - non priva di fantasia - la chiesa di S.Maria risulta essere più antica di quella di S.Vincenzo perchè la dedicazione a Maria è propria delle prime chiese cristiane della fine del IV -prima metà del V secolo d.C. La chiesa viene per consuetudine classificata come edificio attribuibile al XIV secolo, fonte sicuramente documentata. Della primitiva costruzione non rimane più nulla, mentre l’immagine ottocentesca è visibile tuttora: si distingue una facciata policroma con un portico anteriore su quattro colonne. L'interno si sviluppa su una larga navata unica e in prossimità dell'altare, che ospita la statua della Madonna del Monserrato, si aprono due cappelle simmetriche dedicate al Sacro Cuore di Gesù (a sinistra) ed a Sant’Anna (a destra). Sul lato destro si trovano il campanile ad alcune stanze a più piani. La chiesa attuale conserva il nome di quella antica che, essendo priva di campanile, aveva la campana sostenuta da un pilastro, o ‘pila’: questa era il prolungamento della colonna su cui poggiavano i fianchi degli archi delle due navate all'altezza del coro.

L'ultimo restauro è stato effettuato tra il 2006 ed il 2007.